Es sieht jetzt eher nach einer Motorrestauration. Das Problem selbst, welches ursprünglich angesprochen wurde ist irgendwie nicht mehr im Fokus.
Genau das hab' ich beim Anblick des "zerrupften" Motors auch ad hoc gedacht. 
Aber *back-to-topic* ... und von Anfang an:
Wenn - bei eingebautem Kühlmittelthermostat der untere Kühlerschlauch kalt bleibt, während der Obere bereits dicke Backen macht, ist entweder das Thermostat hinüber ... oooder der Kühler selbst ist "dicht". Dass der untere Kühlerschlauch bei demontiertem Thermostaten warm wird, ist klar; der wird dann via unteren Stutzen im Motorblock vom heißen Kühlmittel aus dem Motor erwärmt; auch wenn der Kühler an sich verstopft sein sollte.
Thermostat lässt sich ganz einfach prüfen, indem man ihn in einen Topf kochenden Wassers wirft; dann muss er öffnen, da die "Schalttemperatur" bei den Fünfzylindern zwischen 80° und 90°C liegt, je nach Thermostatausführung.
Die "braune Brühe" ist mit hoher Wahrscheinlichkeit nix Weiteres als "rostiges" Kühlmittel ... und einfach mal "ne blaue Kühlflüssigkeit ins Kühlsystem nachkippen, ohne zu wissen, welches Kühlmittel denn überhaupt im System drinne ist, ist eher suboptimal, denn gerade das G12 ist n i c h t mit anderen Kühlmitteln kompatibel und flockt gerne mal aus, wenn man's mit "Fremdfabikaten" mischt.
Und Ausflockungen sind das reine Gift für die Kühlmittel- und vor Allem auch Kühlerkanäle; die verstopfen nämlich dann ruck-zuck 
Dies nur mal zur Info für die Fehersuche nach dem - hoffentlich erfolgreichen - Zusammenbau des Motors; denn das Problem der mangelhaften Kühlung könnte dann immer noch bestehen; falls der Motor nicht auf Grund z.B. erhöhter mechanischer Reibungsverluste - im Bereich von Zylinder N° 5 ?! -
wirklich thermisch überlastet wird.
